99.1 %的面肌痉挛患者，过去称为原发性面肌痉挛，其病因为面神经根在出桥脑段（面神经刚刚从脑干发出的一段）受到走行异常的血管压迫，引起面神经损伤，出现脱髓鞘变，造成神经纤维之间电流 “ 短路 ” ，引发面部肌肉抽动。
近年来大量的临床实践也表明，一旦将血管对神经根的压迫解除，面肌痉挛可立即或逐渐停止，目前，面神经根受到血管压迫导致面肌痉挛的病因学说已得到全世界的公认。
继发性面肌痉挛指存在明确诱发疾病者，如面神经外伤或面神经炎引起的周围性面瘫，在恢复期可以引起面肌连带运动 ， 特点类似面肌痉挛;某些桥小脑角的肿瘤或炎症累及面神经根也可引起本病的发生。经统计，除外伤面瘫后出现的面肌痉挛外，其它继发性面肌痉挛仅占所有面肌痉挛的0.9% 。
面肌痉挛应该与单纯眼皮跳动及其它面部抽动相鉴别。几乎所有的面肌痉挛均开始于眼皮跳，而单纯的眼皮跳（医学上叫为眼睑痉挛）在日常生活中极为多见，也几乎每一个人在一生中都有这样的经历。在民间，对于眼皮跳也流传着一些例如“左眼跳财，右眼跳灾”等迷信传说。
引起单纯眼皮跳的原因是支配眼睑活动的神经肌肉受到局灶性的兴奋刺激所导致，这种情况多在一段时间后自行缓解。而面肌痉挛则不同，患者发病后出现的眼睑痉挛不但不会自行停止，而且会越跳越重，在跳动一段时间后逐渐累及面部肌肉甚至颈部、肩部肌肉随之抽动。
因此，在出现眼皮跳后不要急于求医，因为单纯眼皮跳不会发展为面肌痉挛。而如果是面肌痉挛的话，一般的治疗是不能阻止面肌抽搐逐渐加重的自然病程规律的。
