胃肠神经官能症起病多缓慢，呈持续性或有反复发作。有研究表明胃肠神经官能症与患者面临的竞争、压力、负性事件和应激事件有关，还与患者本身性格和人格等有关，并受幼年时期有无恶劣环境刺激及遗传因素的影响。
精神心理因素为胃肠神经官能症发生的主要诱因，如情绪紧张、焦虑、生活与工作上的困难、烦恼、意外、不幸等，均可引影响胃肠功能正常活动，进而引起胃肠道的功能障碍。但也有不少患者是生活优越、精神生活丰富的，那他(她)们的病因又是什么呢?
近年研究显示其主要与脑—肠轴调节障碍密切相关。脑—肠轴是由神经内分泌和免疫因子介导的，受心理社会因素调整的胃肠道和脑之间的一个双相整合系统。外源性(景象、气味等)或内感性(情绪和思维)信息通过高级中枢传出的神经冲动，可以影响胃肠感觉、运动、分泌和炎症;相反，内脏效应(伤害感受等)又可影响中枢痛觉、情绪和行为。
应激、神经过敏症等心理因素可引起fd迷走紧张抑制，导致胃容受性受损，从而产生胃肠不适如上腹疼痛、饱胀感、暖气等;而内脏高敏感性又使感觉被放大，进而形成恶性循环。在这个循环中，生理因素与心理因素和社会因素相互作用而产生了主观的躯体症状。
精神心理因素不仅影响胃肠生理出现消化系统症状，还可影响患者对疾病的体验、就医行为、治疗方案的选择和预后。前瞻性研究显示心理状况的改善与胃肠道症状的缓解密切相关。
故在胃肠神经官能症初期治疗需要根据相关的症状给予治疗胃炎或缓解结肠炎的症状的药物，同时给予抗焦虑、抗抑郁的西药或中成药治疗;稳定病情后则主要使用中药调理及中成药巩固疗效，适当给予抗焦虑、抗抑郁药物治疗加上心理疏导;后期则主要是生活调理，饮食调护及心理疏导，同时预防复发。
